An der KJF Klinik Josefinum haben Ärzte die Möglichkeit, ihre Facharztweiterbildung in verschiedenen Fachbereichen zu absolvieren. Außerdem können Schwerpunkte und Zusatzbezeichnungen erworben werden.
| Fachbereich | Weiterbildungsbefugnis | Weiterbildungsberechtigung | Weiterbildungsberechtigter |
| Kinder- und Jugendpsychiatrie und -psychotherapie (Augsburg und Kempten) | Facharzt | 48 Monate ( = voll) | Prof. Dr. med. Michele Noterdaeme |
| Kinder- und Jugendpsychiatrie und -psychotherapie (Nördlingen) | Facharzt | 24 Monate | Prof. Dr. med. Michele Noterdaeme |
| Frauenheilkunde und Geburtshilfe | Facharzt | 60 Monate (= voll) | Dr. med. Roman Steierl |
| Frauenheilkunde und Geburtshilfe | Schwerpunkt Spezielle Geburtshilfe und Perinatalmedizin | 36 Monate (= voll) | Dr. med. Roman Steierl |
| Kinder- und Jugendmedizin | Facharzt | 60 Monate (= voll) | Priv.-Doz. Dr. med. Thomas Völkl |
| Kinder- und Jugendmedizin | Schwerpunkt Neonatologie | 36 Monate (= voll) |
Priv.-Doz. Dr. med. Thomas Völkl Dr. med. Sibylle Horsinka |
| Kinder- und Jugendmedizin | Schwerpunkt Kinderpneumologie | 36 Monate (= voll) | Dr. med. Britta Welzenbach |
| Kinder- und Jugendmedizin | Schwerpunkt Neuropädiatrie | 24 von 36 Monaten |
Dr. Johannes Stoffels Dr. med. Christian Uebler |
| Kinder- und Jugendmedizin | Schwerpunkt Kinderkardiologie | beantragt | Dr. med. Alexander Praus |
| Kinder- und Jugendmedizin | Zusatzbezeichnung Allerlogie | 18 Monate (= voll) | Dr. med. Britta Welzenbach |
| Kinder- und Jugendmedizin | Zusatzbezeichnung Pädiatrische Intensivmedizin | beantragt |
Priv.-Doz. Dr. med. Thomas Völkl Dr. med. Alexander Praus |
| Kinder- und Jugendmedizin | Zusatzbezeichnung Kindergastroenterologie | beantragt | Dr. med. Christoph Schick |
| Kinder- und Jugendmedizin | Kinderreumathologie | beantragt | Thomas Keller |